El estado en que se encontraba la Parroquia del Sagrado Corazón de Jesús tras la Guerra Civil, por el incendio que sufrió en 1936 y los efectos que esto provocó en la feligresía, movió a un grupo de onubenses a constituir una hermandad que ayudara a levantarla espiritual y materialmente. El 19 de Marzo de 1939 se encuentran José Zayas Fernández, Eulogio García Ferrer y Diego Díaz Hierro "que comparten la idéntica actitud e ilusión por fundar una hermandad que integrada en la vida de la parroquia contribuya a superar la precaria situación de la misma. El recordado párroco Don Pablo Rodríguez González alienta y anima desde este primer momento el proyecto fundacional". Luego se realizaron diversas reuniones para poner en marcha la hermandad. "Hay total unanimidad en adoptar como misterio el pasaje evangélico en que Herodes deprecia al Divino Maestro, al que los reunidos invocan como Nuestro Padre Jesús de la Humildad".

Para la Virgen se presentan dos opciones: "de un lado la propuesta por Diego Díaz Hierro que propugna la advocación de María Santísima del Perpetuo Socorro y por otra parte la advocación de María Santísima de la Victoria que bajo la iniciativa de Garcia Ferrer es secundada mayoritariamente y que prevalece finalmente como título definitivo". La junta organizadora queda formalizada el 3 de agosto de 1939 por el vicario general del Arzobispado, estando presidida por D. Pablo Rodríguez e integrada además por José Zayas Fernández, Eulogio Garcia Ferrer, Emilio Moreno Criado, Diego Díaz  Hierro y Ramiro Monfort. La Junta organizadora quedó constituida oficialmente el 14 de abril de 1940, acordándose la redacción de los estatutos.

La Hermandad quedó erigida canónicamente el 5 de mayo de 1941, fecha en que también se aprueban los primeros estatutos. El 19  de noviembre de 1989  se inició la  celebración  del cincuentenario fundacional, que con numerosos e importantes actos culminaron con solemne procesión de María Santísima de la Victoria a la Parroquia de la Purísima Concepción, el 29 de octubre de 1990.

D, Joaquín Gómez del Castillo fue el encargado de realizar la primera imagen de la Virgen que bendijo el venerable sacerdote onubense don Alejandro Cano Rincón, en la capilla de las Madres Teresianas de cuya comunidad era capellán. A continuación de la bendición, la imagen fue trasladada procesionalmente hasta la parroquia del Sagrado Corazón, en donde la hermandad ha radicado hasta nuestros días.

La primera salida de la cofradía tras su fundación en 1939 tuvo lugar el 9 de abril de 1941, las 20.00 horas, la cofradía se organizó de la siguiente forma: "A continuación  de la cruz de guía, dos largas filas de  nazarenos precedían al paso de la Santísima Virgen de la  Victoria bajo su rico palio azul, varales y respiraderos de plata y caídas de terciopelo negro. La bellísima imagen lucía manto negro y  preciosas  alhajas, y un completo exorno compuesto por velas encendidas y jarras de plata con profusión de flores.

El 1 de abril de 1953 la imagen de  Maria Stma. de la Victoria sufrió un lamentable incendio en su salida procesional del Miércoles Santo. El resultado del incendio fue desastroso, la imagen de la Virgen tenía la cara y el resto de la cabeza con daños muy importantes. El Domingo de Resurrección fue expuesta en su capilla tal como quedó tras el incendio.

En 1989 se conmemoró el 50 Aniversario de la Fundación de la Hermandad con una serie de actos de gran importancia que culminaron con la salida extraordinaria de María Santísima de la Victoria, bajo palio, por las calles de la ciudad el 26 de Octubre de 1990.

Un día señalado para la Hermandad fue el 24 de Abril de 1997, día que el  Ayuntamiento de Huelva, reunido en pleno, decide por unanimidad conceder a Nuestra Bendita Madre la Medalla de Oro de la ciudad. Día de júbilo y de alegría de todos los onubenses y en especial de los vecinos del Barrio Reina Victoria y del Barrio del Matadero que quedó más que demostrado el día de su imposición, el 18 de Octubre de ese mismo año a las puertas del Consistorio.

En Diciembre de 2008, es anunciado al pueblo de Huelva, la Coronación Canónica de María Santísima de la Victoria para la primavera de 2012.

El 5 de mayo de 2012, se corona canónicamente la Santísima Virgen de la Victoria en la Plaza de la Constitución de Huelva, en una Solemne Misa de Pontifical, presidida por el Obispo de Huelva. Los padrinos de la coronación, fueron la Ciudad de Huelva y la RR. MM. Teresianas, camaristas de la Virgen.

Durante todo el año 2014 la Hermandad celebra el 75 Aniversario de la Fundación de la Hermandad con un amplísimo programa de actos y cultos extraordinarios.